Udarbejdet af Henriette Lindkvist,V8562. Svar i kursiv Knud Christensen.

Lektion 1. (jeg håber ikke der er noget der hedder dumme spørgsmål, ha ha)

1)	Først kunne jeg godt tænke mig en hel klar definition på;

Kvantitativ egenskab = har kontinuert variation og er oftest normalt fordelt

Kvalitativ egenskab = er klasse opdelt som feks gul eller sort

Tærskelegenskab = har samme fordeling som kvantitativ egenskab, men er klasse opdelt

Jeg roder begreberne sammen, men er det rigtigt at kvalitativ egenskab er lig med Mendels simple nedavning og ved kvantitativ egenskab spiller også miljø ind?

Ja det er rigtigt opfattet at de kvalitative egenskaber har ringe milieufølsomhed i modsætning til de kvantitative og tærskelegenskaberne.

2)	Under afs. 1.2 kommer du ind på udavl og indavl, - Og når alle er indavlede=> ingen sammen
hæng mellem mors vægt og afkoms vægt, er det fordi de er genetisk ens? Ja

Jeg er ikke helt sikker på at jeg forstår at der ingen sammenhæng er, hvis alle er indavlede eller genetisk ens. Vil der ikke altid være en eller anden sammenhæng mellem mor og afkom?

Nej sammenhæng kan kun opfattes på grundlag af variation. Er der arvelighed kan det kun opfattes når den store bønne får afkoms bønner der også er store, og den lille bønne får afkom der også er små. Hældningsgraden på denne sammenhæng er heritabiliteten af bønnestørrelse. Heritabilitet er som senere omtalt genetisk variation i forhold til phenotypisk variation.

3)	Hvad helt nøjagtig fortæller arvelighedsgraden mig?

Se under punkt 2

4)	Du skriver at arvelighedsgraden ligger mellem 0 og 1. Og arvelighedsgrad = 0 => ingen sammenhæng. Men der må da være en eller anden sammenhæng mellem forældre og afkom?

Nej ikke nødvendigvis se under punkt 2

5)	Under afs. 1.4 ved skema om "Klassificering af egenskaber i relation til arvegang og miljø følsomhed." Hvordan ville jeg ved en given sygdom kunne afgøre hvilken egenskab og arvegang der er tale om?

Det kan man ikke vide, men hver af mulighederne skal afprøves, er der ingen af de genetiske muligheder der kan passe må det være en milieuprovokeret sygdom og så kan man gå i gang med at undersøge milieuagens. I praksis vil man ofte starte med at undersøge fra milieu siden.

6)	I samme skema som ved punkt 2) har du indsat tre grafisk afbildninger med overskriften "Sygdomme". Nedenunder har jeg skrevet hvordan jeg har forstået dem, det er vigtigt at rette mig hvis jeg er gal på den!

Ved kvalitativ egenskab:Ud af et antal individer er der en gruppe raske/normale og en gruppe syge. Ingen
mellemstadier!

Ved kvantitativ egenskab:Sværhedsgraden af sygdommen følger en normalfordeling. Det vil sige at der er nogle der er mere eller mindre "syge" end andre, men at størstedelen af "syge" er placeret i arealet under normalkur ven? Nej vel?

Ved tærskelegenskaber:Den har jeg ikke rigtig forstået! Er det der hvor vi selv sætter en linie (tærskel) og håber vi får de rigtige syge og rigtige raske med i undersøgelsen. Hmm! nej det er vist langt ude. Vil du forklare?

Nej en tærskel-egenskab (sygdom) har i princippet klasserne rask eller syg. Er der 2,5 procent syge finder man afskæringspunktet v.h.a. en normalfordelings tabel (svarer til dobbeltsidig statistisk test med 5 % eller 2,5 % til hver side eller afskæringsgrænsen 1.96). Se punkt 1.

Lektion 2.

1)	Som overskrift i afs. 2.1 skriver du, ".......Phenotype = Genotype". Hvad vil det egentlig sige? Er det fordi man ved at se på phenotypen kan udsige den nøjagtige genotype?

Ja.

2)	Under afs. 2.1. har du vist en gel, men jeg forstår ikke hvordan du aflæser den og får de tre genotyper SS, SF, FF.

Billedet er ikke så tydeligt, da der er betydelige mængder af protein i serum som ikke er albumin. Ud for S bogstavet er der kun baggrund i den prøve der ligger til højre, hvorimod der er signal i de to øvrige prøver. Ud for F er der kun baggrund i den venstre prøve, men signal i de to andre. Derfor bliver genotyperne som nævnt under billedet.

3)	Beregning af genotype frekvenser og genfrekvenser under figuren med gelen er god, da du bag efter kommer med en forklaring! UG.

3)	Bruges gentællemetoden kun ved co-dominans? Ja

4)	Under afs. 2.2 ved "statistisk test for H-W ligevægt". Er det korrekt at "H-W Antal, exp" beregnes således for:

Genotype	SS	SF	FF	Total

Antal, obs	36	47	23	= 106 = N

Antal, exp	p2 *N	2pq *N	q2 *N	= 106

Hvor N = total obs. i alt. Ja

5)	Under afs. 2.2 ved "Chi-i-anden test for H-W-ligevægt..." Du beskriver her formlen for Chi-i-
anden, men selve formlen er ikke indsat, vi er enige om at det er denne formel ikke?

Ja

6)a	Under afs. 2.2 ved "testen har 1 frihedsgrad,...." Du skriver dette og efterfølgende kommer en forklaring på hvorfor, MEN hvad forstås ved p og N som "frie parametre"?

De er bestemt på grundlag af data og er nødvendige for af beregne forventet antal q=1-p og er derfor ikke fri men bunden til p.

6)b	Du skriver at q ikke er fri, fordi den beregnes som 1-p, OK men vi ved jo at

p + q = 1 og det medfører jo også at 1-q = p og så er det vel p der er beregnet og ikke fri?

Om det er p eller q der er fri er ligegyldigt, der er en fri.

6)c	Har du en bedre forklaring og eventuelt et eksempel der underbygger det? For jeg forstår det ikke!

Ved Mendelsk udspaltning fra Aa*Aa parringer får man 3 klasser,men forventet antal beregnes nu på grundlag af en 1:2:1 udspaltning og N, her er der 2 frihedsgrader, da kun N er nødvendig for at beregne forventet antal.

6)d	Er der tilfælde hvor p og N ikke er frie parametre? Og derved eventuelt situationer hvor vi har df = 2 eller 3?

Nej ikke ved H_W test i et to allel system.

7)	Under afs. 2.2 ved "tabelopslag med 1 frihedsgrad får man..." Og her ville en henvisning bag i kompendiet (hvor du udemærket har indsat en tabel over kritiske værdier.) være en rigtig god ide. (prøv at spørg hvor mange der har opdaget den, ha ha)

8)	Hvad siger din 0-hypotese?, - du har jo ikke skrevet den!!

Den siger at der ikke er nogen afvigelse fra H_W proportioner.

9)a	Under afs. 2.2 ved samme sted som punkt 7). Jeg kan ikke helt følge din konklusion på Chi-i-
anden testen, den er temmelig kortfattet! Er det sådan her jeg skal tænke (ikke nedskrive) når jeg skal konklu dere?

Tabelopslaget på 3,84 er større end vores beregnede Chi-størrelse på 1,09 ved 5% grænsen => afvigelsen har en sansynlighed > 5% => ingen statistisk sikker afvigelse fra H-W ligevægten.

Ja

9)b	Hvad nu hvis vores beregnede Chi-størrelse var større end tabelopslaget? Hvad ville vores konklusion så være?

Hypotesen om at populationens proportioner svarer til H_W proportioner kan ikke opretholdes.

9)c	Og hvad ville den biologiske konklusion være for albumin type Schæfer- hundene?

Der kunne være mange muligheder som feks. ikke tilfældig parring, selekteret materiale etc.

9)d	Når vi snakker 5% grænse, er det så =0,05 der snakkes om?

Ja.

9)e	Bliver der aldrig testet på 1% grænsen?

Ja i publikationssammenhæng vil man anvende grænserne 0,05, 0,01 og 0,001, men her i kompendiet er der kun anvendt 0,05 grænsen.

10)	Under afs. 2.4. ved Tabel 1 "fordeling af albumin typer..." Hvad er det helt nøjagtig tabellen fortæller mig? Tag nu f.eks. Basset Hound som har disse data:

SS: 0, SF: 2, FF: 30, Total: 32, Frequency of S: 0,03, Height: 35cm, Weight: 30kg

Hvad fortæller det mig om hunden ud over at den er 35cm høj og vejer 30kg?

De sidste to kolonner bør tages ud da de ikke er informative uden at der bliber givet en lang forklaring

11)	Under afs. 2.4. ved tabel 2. Hvad laver denne tabel der? Den er komplet uforståelig og underbygger ikke noget som jeg kan få øje på!! Er jeg dum?

Tabellen er et eksempel på anvendelse af gen- eller allel-frekvenser. Derfor er den taget med. Den viser, at CPH1 ikker er en god markør at anvende i faderskabssager, men at CPH3 er meget bedre fordi der er mange flere heterozygoter i populationerne med hensyn til dette locus He er over o,6 i alle tilfælde. For at finde frem til et effektivt sæt af markører til faderskabssager er det nødvendigt at have mindst 5 af typen som CPH3.

12)	Under afs. 2.5. ved "Vi vil nu se på de mulige gameter,...." I dit definitionsskema er indsat D for disekvilibrium (uligevægten), hvordan ser jeg at den er negativ ved p(A)*q(b) og ved q(a)*p(B) , men positiv ved de to andre? Har jeg overset noget?

Nej, D har et arbitrært fortegn, den kunne lige så godt være sat op modsat, men det er normalt ikke at have et negativt fortegn for gameterne i koblingsfase, men for dem i repulsionsfase. Er der for få gameter i koblingsfase må der være for mange i repulsionsfase og omvendt.

13)	Kan du suplere med definitionerne på følgende, - det ligger lidt langt tilbage i hukommelsen;

Kobling = to gener ligger på samme kromosom

Rekombination = overkrydsning

Repulsionsfase = Resultat af overkrydsning

af gener hvor de dominante alleler var på samme kromosom og de reccesive alleler på samme kromosom, se tegning.

14)	Under afs. 2.5 ved "Er rekombinationsfrekvensen c vil D formindskes ..."Hvad mener du med den sætning? Hvilken talstørrelse skal c være?

Ja det afhænger af hvor tæt generne er koblede, da c er rekombinationsfrekvensen, der har området fra 0 til 0,5. For værdien 0 svarer det til at der aldrig sker rekombination og for værdien 50 svarer det til fri rekombination, selv om generne ligger fysisk på samme kromosom.

15)	Under samme som punkt 14) Du opskriver en formel:Dn = D0(1-c)n, Hvad står følgende for?

n = antal generationer

c = rekombinationsfrekvensen

16)	Hvad fortæller rekombinationsfrekvensen? Du skriver "...med en rekombinationsfrekvens på 0,5 går der...." Hvad betyder det egentlig?

At generne lige så vel kunne ligge på forskellige kromosomer som være på samme fysiske kromosom.

17)	Sidst i lektion 2, skriver du, " ...i en blandingspopulation hvor frekvensen af dobbelt-heterozy
goten kun er 2(ru+ts)." (NB! formlen er rettet efter forlæsning, fra ru+ts.) Er der en forklaring på hvorfor frekvensen er således i en blandingspopulation?

Ja se på gametskemaet ovenfor, r ~ AB gameten og u ~ til ab gameten r*u eller u*r er sandsynligheden for at få et AaBb i koblingsfase, heraf følger tilsvarende at ts er chancen for at få dobbelt heterozygoten i repulsionsfase.

Lektion 3.

1)	Hvad helt nøjagtig forstås ved genfrekvensligevægt?

H-W proportioner

2)	Hvad betyder genfiksering?

Tab eller fiksering af en allel q=0 eller q=1.

3)	Afs. 3.1 Du skriver; "For recessive arveanlæg er ligevægtsfrekvensen , hvor mutationsfrekven
sen (my) er lig..."

hvor mutationsfrekvensen er my

3a	Hvilket symbol betegner ligevægtsfrekvensen? Ingen

3b	Hvilket symbol betegner mutationsfrekvensen? My

3c	My, kan vel ikke betegne dem begge, vel? Nej

4)	Afs. 3.1. Du skriver; "For dominante arveanlæg er ligevægtsfrekvensen , hvor mutationsfre
kvensen (my) er lig ..."

hvor mutationsfrekvensen er my

4a	Her er det samme problem som i punkt 3), dog endnu mere forvirrende. Jeg tolker det du skriver, som denne formel, nemlig ligevægtsfrekvens = mutationsfrekvens!! Og det er da ikke rigtigt, vel??

Om igen

For recessive arveanlæg kan ligevægtsgenfekvensen (q) beregnes fra følgende ligning q2*s = my , hvor mutationsfrekvensen (my) er lig frekvensen af de recessive individer, der bortselekteres i hver generation (q2*s). For dominante arveanlæg kan ligevægtsgenfekvensen (p) beregnes fra følgende ligning p*s = my, hvor mutationsfrekvensen (my) er lig med halvdelen af frekvensen af de herozygote individer, der bortselekteres i hver generation (pq*s) og q~1.

5)	Hvad forstås helt nøjagtig ved "genetic load"?

Det er den byrde som en population må bære for at opretholde en given ligevægt. Dvs. de individer der bortselekteres i hver generation.

6)	Afs. 3.2. Er det korrekt at 'selektion mod den recessive = avl på dominante'?

Ja for s=1

7)	Når du skriver; "...skal opfattes relativt i forhold til...", hvad mener du så?

Når en bestemt genotype udnævnes til at have fitness 1 siger det ikke noget om hvor mange afkom denne genotype får, men kun relativt i forhold til andre genotyper med højere eller laver fitness værdier.

8)	Selektionsskema under afs. 3.2 s overskrift. Når genotypen EE har en fitness = 1, hvad fortæller det mig så om individet som har genotypen EE.?

Se punkt 7, men skal en population være i balance skal individer af en given genotype være forældre til 2 stk afkom. Så den gennemsnitlige fitness skal svare til dette, genotyperne har da en reproduktionsevne større eller mindre end 2. Man sætter normalt den med størst fitness til 1.

9)	Afs. 3.2. under selektionskema.

9a	Du opskriver en formel for q`, men glemmer at fortælle hvad q` står for!!

Du forklarer formlen med denne sætning; "Efter selektion beregnes genfrekvensen ved gentællemetoden, q` bestemmes som halvdelen af hetero(z)ygoterne (indsæt z) plus de overlevende recessive relativ til halvdelen af den relative sum af alle overlevende gener, ...."

q' står for genfrekvens i næste generation.

9b	Vil det sige at q` = genfrekvens efter selektion?

Ja de gener der overlever og dermed næste generations genfrekvens før selektion

9c	Definer din brug af ordet 'relativ', disse ord gør sætningen forvirrende!

9d	Er q2(1-s) = overlevende recessive? Ja

10)	Afs. 3.2. vedr. graf for "selektion mod den recessive"

10a	Her har du igen opskrevet formlen for q` , og det lige under overskriften for grafen, betyder det at, q` = selektion mod den recessive ? Kan du forstå min forvirring?

Nej grafen er beregnet v.h.a forml en generation af gangen op til 50 generationer

10b	På selve grafen har du sat x-aksen lig med "antal generationer", - men hvad har du på y-aksen?

Genfrekvensen q

10c	Hvis jeg nu går ind på den graf, hvor s = 0,5 ved 20 generationer og herefter aflæser på y-aksen 0,1 (ca.). Hvad fortæller det mig?

At med en start genfrekvens på 0,8 (se y-akse) tager det 20 generationer at ændre genfrekvensen til 0,1 med et selektionstryk på s=0.5

11)	Formlen for genfrekvensændring delta q ses ingen steder, jeg har opskrevet dette fra forlæsnin
gen er det korrekt?

Delta q = -[sq2(1-q)]/(1-sq2)

Ja formlen er korrekt den stammer fra Nicolas's gamle bog den er beregnet som q'- q så den kan beregnes til hver en tid. Du behøver ikke den formel, men den skader ikke.

12)	Afs. 3.2 under grafen for "selektion mod den recessive". Her ses en formel for genfrekvensæn
dring for n generationer,-

qn = q0/(1+nq0)

, er q0 da genfrekvens i 0'te generation?	Ja

13)	Afs. 3.3. Du indleder med, "...Selektion mod den recessive , og den dominante skal opfattes relativt i forhold til den heterozygote type."

Hvordan skal sætningen forstås? Når man siger "i forhold til noget" mener man som regel division, men jeg ser ingen division med den heterozygote type nogen steder. Vil du forklare nærmere!!

Ja du fortolker det rigtig gå tilbage til diskussionen om fitness så kan du få din opfattelse bekræftet. Men en egentlig division fås kun når man har med absolutte tal at gøre, jevnfør opgave med condrodystrofe dværge.

14)	Afs. 3.3. Betyder selektion for heterozygoter, at man er interesseret i at fremavle heterozygoter?

Ja, men selektion for eller imod heterozygoter kan ikke være avlsmål. Naturen sætter i nogle tilfælde disse uheldige avlsmål og så må menneskene forholde sig til dem.

15)	Afs. 3.3. Kan du prøve at forklare mig formlen for q`, ved 'selektion for heterozygoter?

q' =[q2(1-s2) + pq]/(1 - p2s1- q2s2 )

Jeg kan se at størrelsen q2(1-s2) må være frekvens efter selektion for ee, men hvorfor "+pq"?

Det er gentællemetoden der anvendes, derfor bliver den nye genfrekvens q' alle de overlevende recessive + halvdelen af heterozygoterne i forhold til halvdelen af alle overlevende gener.

Størrelsen under brøkstregen må være antal overlevende efter selektion, ikke?

Ja

NB! Fejl: du skal ikke have gange mellem q og opløftet i 2. potens.

Ja Bravo Bravo

16)	Hvad mener du med "selektion uden ende"?

Selektion der aldrig høre op så længe man har de givne selektionskoefficienter, ligevægten påføre populationen et stort genetic load, idet mange individer ikker er reproduktionsegnede i hver eneste generation.

17)	Afs. 3.3 ved fig. "Relativ fitness ved overdominans". Jeg kan huske at jeg ikke forstod denne figur før forlæsningen. Nu har jeg nedenunder indtegnet den og skrevet lidt til, er det korrekt opfattet?

Er konklusionen på figuren følgende?

Ved overdominans => Dominant homozygoters fitness nedsættes og
recessiv homozygoters fitness nedsættes endnu mere!

Hmm!, - har du en bedre konklusion?

Nej det er ikke rigtigt. Forholdet mellem fitness på den dominante og den recessive kan være som du nævner, 1 eller lige omvendt, det afhænger af effekterne på det pågældende loci.

18)	Afs. 3.4. Er selektion mod heterozygoter = selektion for homozygot/avl på homozygot ?

Ja homozygoterne har højere fitness end heterozygoterne.

19)	afs. 3.4. ved selektionsskema lige under overskriten; "selektion mod heterozygoter". Dette skema er identisk med det selektionsskema som ses under afs. 3.3. med overskrift "Selektion for heterozygoter". Skal det være det? Hvis ja hvad er så forskellen?

Ja men der opereres med negative s'er

20)	Måske er jeg ikke sikker på om jeg kan adskille definitionerne på henholdsvis, 'Selektion mod heterozygoter' og 'Selektion for heterozygoter'!

Er det bare lige ud af landevejen, sådan at "mod" kan oversættes med "det vil vi ikke have" og "for" kan oversættes med "det vi er interesseret i"?

Ja det er rigtigt forstået.

21)	Afs. 3.4. ved beregning af q . Det er den samme formel som ved beregning af q ved "Selektion

for heterozygoter" under afs. 3.3. (NB! med samme fejl; gange mellem q og opløftet i anden potens!).

Er det korrekt at man skal anvende samme formel?	Ja

22)	Afs. 3.4. lige under beregning af q . Ved sætningen "Man får, at når genfrekvensen q er større end ....".

Her skriver du genfrekvens = q. Jeg er godt klar over at p og q er genfrekvenser, men det du skriver her er vel resultatet af q formlen? Så hvis q er genfrekvens hvad er q så?

q er genfrekvensen i nærværende generation og q' genfrekvensen i næste generation.

23)	Afs. 3.5. indledende afsnit. Du skriver; "I den mindst mulige populationsstørrelse med 1 han og 1 hun kan der kun bæres fire arveanlæg videre til næste generation, hvilket svarer til fem mulige genfrekvenser 0, 0,25, 0,5, 0,75 eller 1."

Jeg er klar over at fremkomsten af disse fem mulige genfrekvenser er noget af det grundlæggen
de og at jeg burde vide hvordan du er kommet frem til dem, men jeg er ikke sikker og vil gerne have det forklaret en gang til, gider du det?

Der er følgende muligheder og q beregnes v.j.a. gentællemetoden

AA AA	q=0

AA Aa	q=0,25

AA aa	q=0,50

Aa aa	q=0,75

aa aa	q=1

Mange af mulighederne er simplificeret, idet der kun er omtalt en mulighed for at opnå den viste genfrekvens.

24)	Afs. 3.5. lige over fig. med "statistisk spredning på genfrekvensen p". Du skriver; ".....kan man se på variansen af genfrekvensen der svarer til binominalfrekvensen, der er pq/2N , hvor 2N er lig antallet af træk fra fordelingen."

Eller gener der er udtrukket fra populationen

24a	Jeg er ikke sikker på at jeg helt forstår hvad du mener, - Hvad helt nøjagtig beregner jeg med formlen;

Vp =pq/2N er variansen på genfrekvensen

24b	Og hvad betyder det at 2 gange N er "lig antallet af træk fra fordelingen"?

Der trækkes 2N gener

25)	Afs. 3.5. Fig. "Statistisk spredning på genfrekvens p"

25a	Når det nu er spredning på genfrekvens p, - er det så dominerende gener vi snakker om f.eks. for genotype EE?

Nej det er genfrekvenser ikke genotypefrekvenser, men man kan lige så vel tale om variansen på q da q =1-p. Der er ikke varians på 1'tallet så variansen er den samme på p og q.

25b	Figurens konklusion; Ved "antal gener" = 50 => at sigmap= ca. 0,08. Hvad fortæller det mig?

At når du trækker 50 gener fra en population med genfrekvens 0,5 vil den ny generations genfrekvens ligge mellem(0,5 plus-minus 2*sigmap) alså et sted mellem 0,34 og 0,66 med 95 % sandsynlighed.

25c	Lige over figuren skriver du; "Nedenstående er vist spredning på genfrekvensen p ved en genfrekvens på 0,5."

Jeg forstår vist ikke sætningen, hvordan kan der være spredning hvis genfrekvensen er på 0,5? Er det q der er inde i billedet?

Nej det er ved overgangen fra en generation til den næste. Nærværende genfrekvens er 0,5 men hvad bliver den i næste generation når du kun trækker et begrænset antal gener.

25d	Jeg har ved en forlæsning opskrevet denne formel: for spredning på genfrekvens

men har åbenbart glemt at opskrive definitionen, kan du huske den forlæsning?

Det må jo være beregning af spredning af genfrekvens p. Men hvad så med formlen i punkt 24a? Er variansen af genfrekvensen og spredning af genfrekvens ikke det samme?

Nej, spredningen er kvadratroden af variansen

26)	Afs. 3.6.	Dette afsnit er et godt afsnit, med gode eksempler og overskueligt sat op. UG!

27)	Vedr. delta F.

Er vi enige om at delta F = indavlsgrad?

Nej, delta F er stigningen i indavlsgrad per generation.