7.2 Estimación de los valores de cría usando el modelo de animal

Los cálculos se basan en parte de la matriz general que ha sido producido de Bryan Lewis con su applet matriz general. La parte general incluyen, por ejemplo matriz multiplicatión como A = b*c o A = b*c', que puede ser utilizado junto con los cálculos del modelo de animal.

El applet se puede manejar cálculo de la consanguinidad y relación, la matriz inversa y la estimación de los valores de cría del modelo de animal. Enlace ejemplo

... Input aera .... ....Output area ....

Set digit for print ->

La estimación de las valores de cría del modelo de animal, comando an=:animalm(a), se puede corregir para cualquier número de variables de clase o variables continuas en cualquier combinación.
Para las variables de clase la primera clase es excluida por no haber un grado de libertad porque el valor medio siempre se calcula. El cero es considerado como valor perdido, si el cero es una parte del conjunto de observaciones una constante se debe ser añadida. Las primeras 3 columnas en el conjunto de datos deberá contener animal, padre y madre - todas las demás columnas se pueden utilizar libremente

Los parámetros de la primera línea de datos especifica - refiriéndose al ejemplo seguido y en general 

1.   1 especifica (sigmaE/sigmaA)2 en este caso 1 es igual a h2 = 0,50
 
2.   0 impresión de las soluciones 
     1 impresión de las soluciones y la precisión cuadrada, para un número pequeño de datos (pc tiempo problemas)
     2 impresión de la  triangualrization incluido la variable dependiente - la última línea las soluciones
     3 impresión de la entrada matriz reorganizado con las clases de cero a n-1 y la variable dependiente como la final.
     4 impresión de las ecuaciones incluido la variable dependiente.

3.   0 no incluyendo la consanguinidad
     1 modelo incluyendo la consanguinidad - para menor número de datos (más redondeos y problemas de PC tiempo)

4.-  0 excluir el rasgo del análisis 
     1 especificar una variable continua, el último es el rasgo dependiente
    -1 especificar la variable dependiente, si no es el último rasgo - que luego se intercambian con la última variable
     2 especificar una variable de clase (factor fijo)
     3 especificar una variable de clase donde se usan todos las clases (no puede ser resolvado)

Modelo de animal soluciones se obtiene con la inserción del comando an=:animalm(a) en la ventana de entrada.

Ejemplo de estimación de valores de cría ded modelo de animal de 8 animales, la lista de entrada contiene:
Animal padre, madre, donde 0 significa desconocido, un factor fijo, dos variables continuas, y el tamaño de la camada. - excepto la primera línea que se especifican los parámetros que se explican por encima 
Ponga los datos
en el área de entrada, 
seguido de un retorno

a=
1 0 0 2 1 1  1 
1 0 0 3 2 0  10
2 0 0 2 3 1   9
3 0 0 1 4 0   8 
4 0 0 2 1 1   7
5 1 2 1 5 1   9 
6 1 2 1 6 0  10 
7 3 4 2 4 1   8
8 5 6 3 6 1  11
 


Diagram  genealogical    

Resultando en los siguientes
en el output área
a =
 1  0  0  2  1  1  1 
 1  0  0  3  2  0  10 
 2  0  0  2  3  1  9 
 3  0  0  1  4  0  8 
 4  0  0  2  1  1  7 
 5  1  2  1  5  1  9 
 6  1  2  1  6  0  10 
 7  3  4  2  4  1  8 
 8  5  6  3  6  1  11	

Seguido  de an=:animalm(a) 
y presionar de retorno

Animal model solutions
an =
 1.0000	 0.1955	
 2.0000	 0.4287	
 3.0000	-0.3799	
 4.0000	-0.2443	
 5.0000	 0.3420	
 6.0000	 0.3582	
 7.0000	-0.4206	
 8.0000	 0.2903	
 0.0000	 6.9749	el valor medio
 2.0000	 0.5183	clase, no hay un grado de libertad para la clase 1
 3.0000	 1.8716	clase
 0.0000	 0.4191	regresión 1
 0.0000	-0.5322	regresión 2

El primer ejemplo en la teoría de Poul Jensen se refiera a la tasa de crecimiento en cerdos jóvenes aquí los resueltos son diferentes como el año en la clase se da para todos los animales de la siguiente manera. Pero el sistema aquí anulará el primer año y luego se convierte en una regresión dando 4,3883 gramo extra del segundo año. La heredabilidad se establece en 0,33. 
a=
2 0 0 2 1 
1 0 0 0 0
2 0 0 1 225
3 0 0 1 220
4 0 0 1 255
5 1 3 2 250
6 1 3 2 198
7 2 4 2 245
8 2 4 2 260
9 2 4 2 235
 
Diagram  genealogical 

Animal model solutions

animal   estimate
an =
 1.0000	-3.1844	
 2.0000	-0.3009	
 3.0000	-6.2135	
 4.0000	 9.6990	
 5.0000	-1.0912	
 6.0000	-11.4912	
 7.0000	 5.4271	
 8.0000	 8.4271	
 9.0000	 3.4271	
 0.0000	 232.2718	
 0.0000	 4.3883

En el caso de algunos de los padres son consanguinas las estimaciones no será el mismo. En las siguientes soluciones de un pequeño ejemplo se hacen con (parámetro 3 a 1). Un ejemplo 2.1 de RA. Mrode 'linear models for estimating breeding values, CABI Publishing'. La heredabilidad se establece en 0,33. 
a=
2 0 1 1 
1 0 0 15
2 0 0 19
3 1 2 7
4 1 0 13
5 4 3 22
6 5 2 10
 
Diagram  genealogical 

Animal model solutions

accounting for innbreeding
an =
 1.0000	-0.3665	
 2.0000	 0.1689	
 3.0000	-1.0983	
 4.0000	 0.1131	
 5.0000	 0.7070	
 6.0000	-0.4987	
 0.0000	 14.4957

Animal model solutions

no accounting for innbreeding
an =
 1.0000	-0.3699	
 2.0000	 0.1725	
 3.0000	-1.0988	
 4.0000	 0.1110	
 5.0000	 0.7084	
 6.0000	-0.5484	
 0.0000	 14.5041

La estimación de la precisión cuadrado para la estimación, ejemplo 3.1 de RA Mrode. La heredabilidad se establece en 0,33. 
a=
2 1 0 2 1  
1 0 0 0 0
2 0 0 0 0
3 0 0 0 0
4 1 0 1 4.5
5 3 2 2 2.9
6 1 2 2 3.9
7 4 5 1 3.5
8 3 6 1 5.0
 
Genealogical diagram

Animal model solutions
with its squared accuracy
an =
 1.0000	 0.0984	 0.0578	
 2.0000	-0.0187	 0.0158	
 3.0000	-0.0410	 0.0870	
 4.0000	-0.0086	 0.1446	
 5.0000	-0.1857	 0.1437	
 6.0000	 0.1768	 0.1154	
 7.0000	-0.2494	 0.1162	
 8.0000	 0.1826	 0.1552	
 0.0000	 4.3585	 0.	
 0.0000	-0.9540	 0.

Soluciones de un ejemplo más grande, numeración de los animales está libre, siempre y cuando los animales más antiguos son los primeros. La heredabilidad se establece en 0,33. El sexo 2 tiene 5,6002 unidades menos del sexo 1 (último línea). 



animal sire  dam  y  sex trait2
a=
2 0 0 -1 1 2
1 0 0 0 0 0
2 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0
7  0  0  93   2 2
8  1  2  78   1 2
9  1  2  63   1 3
10 1  3  91   1 3
11 1  3  70   2 3
12 1  3  100   2 2
13 1  4  102   1 4
14 1  5  119   1 5
15 1  5  121   2 4
16 1  6  93   2 6
17 1  6  81   2 4
18 1  6  82   2 3
19 14 17 78   2 2
20 14 17 88   1 5
21 14 17 85   2 6
22 14 7  91   2 5
23 14 7  113   1 7
24 14 7  118   2 5
25 14 15 91   2 4
26 14 15 83   2 2
27 14 15 102   1 4
128 14 12 87   2 5
29 14 12 83   1 3
30 14 12 86   1 3
31 14 16 106   2 4
32 14 16 90   1 5
33 14 16 57   2 3
34 23 25 82   1 2
35 23 25 84   1 1
36 23 25 77   2 3
37 23 22 83   2 2
38 23 128 95   1 5
39 23 128 68   2 4
40 23 31 116   1 6
41 23 31 112   1 7
42 23 31 88   2 5
43 23 24 121   1 4
44 23 24 98   1 4
45 23 24 86   1 4

Animal model solutions

The first variable contains numbers 
of animal (mean) classes and regressions
and the second the estimate
an =
 1.0000	-1.4325	
 2.0000	-4.4927	
 3.0000	 3.1002	
 4.0000	 0.4142	
 5.0000	 2.9162	
 6.0000	-3.3706	
 7.0000	 2.8651	
 8.0000	-4.7612	
 9.0000	-5.6569	
 10.0000	 2.9802	
 11.0000	-0.0996	
 12.0000	 2.7212	
 13.0000	-0.0949	
 14.0000	-0.4850	
 15.0000	 4.8850	
 16.0000	-3.7721	
 17.0000	-6.5152	
 18.0000	-0.2880	
 19.0000	-4.0711	
 20.0000	-5.4854	
 21.0000	-5.5097	
 22.0000	-0.0535	
 23.0000	-1.6506	
 24.0000	 5.2497	
 25.0000	 0.6864	
 26.0000	 1.4889	
 27.0000	 2.0724	
 128.0000	-3.1481	
 29.0000	 1.6076	
 30.0000	 2.2076	
 31.0000	 0.8187	
 32.0000	-3.9882	
 33.0000	-5.0696	
 34.0000	-1.9767	
 35.0000	-0.4821	
 36.0000	 0.2475	
 37.0000	-0.9527	
 38.0000	-3.2048	
 39.0000	-7.2870	
 40.0000	 2.0375	
 41.0000	-0.6642	
 42.0000	-1.8980	
 43.0000	 5.5520	
 44.0000	 0.9520	
 45.0000	-1.4479	
 0.0000	 90.0823	
 2.0000	 5.4732	
 3.0000	-5.0481	
 4.0000	 15.9558	
 5.0000	 16.9446	
 6.0000	 19.6661	
 7.0000	 29.1753	
 0.0000	-5.6002
Volver a la teoría 3 de modelo de animal , en Inglés y de nuevo a la teoría 4 de modelo de animal , en Inglés; que hayan sido producidos por el finado Poul Jensen.

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